口袋妖怪信长的野望联动版手游是一款口袋妖怪系列游戏全新版本不一样的游戏故事，全新的游戏题材，游戏背景为日本战国时期，以日本历史武将为主要角色，跨越时空与宝可梦一起成长战斗。
本作故事发生于乱世地方，与口袋妖怪有着特殊羁绊的人被称为武将。17个国家争夺着霸权，主角作为始初国的武将首领，与计划灭亡乱世的信长以及诸多猛者展开战争。
合战（日文︰イクサ）是游戏中出现的对战系统。
进入训练设施或向敌国发起合战都会进入到对战系统之中。进入合战之前，必须先选择最多6名参与这场合战的武将。
如果是己方所持有的国家被敌方发起合战，则所有在该国内的武将强制参加合战。
合战场地根据训练设施或合战所在国家的不同而不同。
合战场上可能存在各种各样看得见或看不见的机关，有时还会有特殊的事件发生（如刮暴风等）。
一回合内，双方交替行动，进入设施时由玩家一方先开始行动，国家之间的合战由发起合战的一方先开始行动。
合战有回合的限制，达到回合限制时，发起合战的一方判负。
根据场地的不同，合战的取胜条件也有不同，最通常的获胜条件是击倒对方的全部宝可梦。
合战场地存在着高度差，通常的高度差可以明显地看出。
此外，天空庭院、飞翼之国合战战场的跳台的高度高于周围的平地。
宝可梦的招式可以攻击高度差在1以内的宝可梦，即使在宝可梦和目标之间存在着高度差为2以上的格子，但宝可梦的招式不能攻击高度差为2以上的宝可梦。
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